Centenas de anos atrás, as famílias Einzbern, Makiri (que originou a família Matou) e Tohsaka se juntaram para invocar o Santo Graal, um poderoso artefato capaz de realizar o desejo daquele que o possuir, porém, por poder atender somente um desejo, as três famílias começaram a brigar, dando origem então à guerra pelo Santo Graal, que acontece a cada 60 anos. Nessa guerra, o Santo Graal escolhe sete poderosos magos que tenham motivos fortes para querer realizar seu desejo e lhes concede o poder de invocar um servo. Servos são espíritos de heróis do passado que ficaram conhecidos através da história, existem sete classes onde os espíritos heróicos se encaixam: archer, saber, lancer, rider, assassin, caster e berserker. Ainda, os espíritos heróicos costumam esconder sua verdadeira identidade (ou seja, qual herói do passado eles são) para que os adversários não utilizem isso como vantagem na luta. Para invocar o servo, além de ser escolhido pelo Santo Graal, você ainda precisa de alguma relíquia que tenha ligação com o servo que será invocado. Fate/Zero se passa na quarta guerra, sendo que nas três anteriores ninguém foi capaz de invocar o Graal. Porém, dessa vez as coisas podem ser diferentes, poderosos e promissores magos estão disputando o cobiçado cálice.